BLAST, Bioinformatics for Dummies

El avance de la ciencia de la mano con nuevas tecnologías proporciona métodos para el análisis de compuestos de interés científico. Áreas tales como la química orgánica o la biología molecular pueden observar interacciones de compuestos que hace 20 años atrás era muy complicado predecir. A raíz de este problema nace la Bioinformática, definida como un conjunto de herramientas computacionales y de análisis para interpretar información biológica.
Luego de realizado el proyecto Genoma Humano, mucha información fue almacenada en bases de datos, la mas notable de estas bases de datos, a mi juicio, es BLAST (basic local alignment search tool, www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). BLAST es un programa que ocupa un algoritmo de búsqueda, en donde uno puede introducir una secuencia de nucleótidos o aminoácidos y este algoritmo compara la secuencia con secuencias conocidas almacenadas en la base de datos, luego muestra una serie de resultados ordenados por puntaje obtenido en la comparación.
Cada resultado muestra posibles proteínas que se codifican con la secuencia que puse, además indica la especie en donde se encuentra la proteína y publicaciones relacionadas con la proteína.
Pero existe un problema para BLAST, las proteínas polimorficas, esto quiere decir, secuencias de nucleótidos diferentes que codifican para una misma proteína, por lo tanto la actualización de las bases de datos de BLAST debe ser permanente.
Existe otra web bioinformática denominada ExPASy (http://ca.expasy.org/), que tiene 2 herramientas excepcionales, el Translate Tool (http://ca.expasy.org/tools/dna.html) y ProtoParamTool (http://ca.expasy.org/tools/protparam.html). En Translate Tool, tal como su nombre lo indica traduce de secuencia de nucleótidos a secuencia de aminoácidos y viceversa. Esto se logra ya que 3 nucleótidos sintetizan 1 aminoácido. Por otra parte esta ProtoParamTool en se puede analizar de manera detallada la secuencia de aminoácidos obteniendo el peso molecular, punto isoelectrico, formula química, la vida media estimada, etc, todo de la proteína ciertamente.
Tambien está PSORT Prediction. Este programa indica la ubicación celular de la proteína y la especie que la contiene, por tanto en un análisis proteico sirve para confirmar los resultados obtenidos en BLAST.
Finalmente existen 2 herramientas bioinformáticas muy interesantes: NPS@ : PREDATOR (http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html) y 3DJigSaw (http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_preda.html).
NPS@ : PREDATOR sirve para identificar de manera instantánea la estructura secundaria de una proteína mediante porcentajes de estructuras presentes y 3DJigSaw sirve para poder visualizar estructura terciaria en las proteínas. Es un poco lento ya que los resultados se envían via e-mail. La estructura terciaria se ve con un software, el típico es RasMol que sirve para ver a la proteína en 3 dimensiones. Esto es ideal para el análisis subunidades, grupos prostéticos, identificación de cadenas de aminoácidos, temperaturas de las cadenas de aminoácidos, etc.

Para darle un carácter mas práctico a lo mencionado anteriormente, creo que estas herramientas pueden ser muy útiles en colegios, ya que como son herramientas gratuitas cualquiera con un mínimo de instrucción puede utilizarlas y es una de las vías en donde el desarrollo científico se esta moviendo hoy en día.